El lugar donde hoy está San Francisco tuvo antiguamente el nombre de “Morrón”. Fue fundado en 1830 como corregimiento del municipio de Cocorná. En 1986 fue erigido en municipio con el nombre de San Francisco, en memoria del santo del mismo nombre. No hubo en este distrito una unidad ni una organización comunitaria que permitiese una explotación a fondo de los recursos naturales. No se conoce con precisión cuándo llegaron los conquistadores españoles a estas tierras. Actualmente, San Francisco es todavía un pequeño municipio enclavado entre la topografía quebrada del Oriente antioqueño. Su vocación es agrícola y sus habitantes conservan en buena proporción su cultura rural campesina y tradicional. De él parten varios caminos de herradura que llegan al río Magdalena y que en siglos pasados fueron utilizados intensamente por los arrieros paisas. Sus apelativos son "Mirador del Magdalena" y "Ventana ecológica del Oriente Antioqueño" Es un municipio bañado por múltiples fuentes de agua. Cascadas, charcos y quebradas, lo han convertido en Centro Turístico por excelencia. Su apelativo es “Paraíso de charcos y cascadas”."
Fiestas Patronales de San Francisco de Asís, Fiestas del Bosque y del Retorno, encuentro de Colonias, Fiestas del Afecto y el Retorno en el Corregimiento de Aquitania, Fiestas del Campesino, Semana de la Juventud.
Vereda El porvenir de Aquitania, La Loma, El Castillo Venecia, El Jardin Buenos Aires, Rancho Largo, La Esperanza, Farallones, Boquerón, Cañada Honda, San Isidro, El Pajuí, Asiento Grande, La Lora, La Eresma, Guacales, La Maravilla, Pailania, El Tagual, Santa Isabel, La Veta, Las Aguadas, La Nutria, Caunzales, San Agustín, El Brillante, El Jardín de Aquitania, El Arrebol, El Venado Chumurro, La Floresta, Yerbales, Pocitos, La Florida, La Honda, Comejenes, San Rafael, La Cristalina, La Fé, La Holanda, El Portón, La Arauca, Alta Vista, San Pedro.
Tiene un corregimiento llamado Aquitania
B0910 ** Actividades de apoyo para la extracción de petroleo y de gas natural
A0123 ** Cultivo de café
C1081 ** Elaboración de productos de panaderia
C1089 ** Elaboración de otros productos alimenticios n.c.p.l
I5630 ** Expendio de bebidas alcohólicas para el consumo dentro del establecimiento
I5511 ** Alojamiento en hoteles
G4711 ** Comercio al por menor en establecimientos no especializados con surtido compuesto principalmente por alimentos bebidas o tabaco
G4719 ** Comercio al por menor en establecimientos no especializados con surtido compuesto principalmente por productos diferentes de alimentos (víveres en general) bebidas y tabaco